1875
James Miln de Woodhill (1819-1881), gentilhomme écossais passionné d’« antiquités », s’installe à Carnac, attiré par la renommée mondiale de ses mégalithes. Il mène sans interruption, de 1873 jusqu’à sa mort, des fouilles notamment sur les Alignements de Kermario, au pied du Tumulus Saint-Michel, et sur une dizaine de petits monuments mégalithiques de la région (tertres bas et dolmens). Les hasards des découvertes le conduisent finalement à s’intéresser aux périodes antiques et médiévales.
Dès 1875, une présentation sommaire des objets trouvés lors des fouilles est présentée à Carnac. Elle occupe tout d’abord la chambre de Miln à l’Hôtel des Voyageurs, puis rejoint une salle de la mairie.
1882
Création du Musée Miln par son frère, Robert Miln. Ce dernier fait construire à ses frais un bâtiment spécial pour loger les collections de son frère et fait don du tout, maison et mobilier, à la commune de Carnac.
1926
Zacharie Le Rouzic (1864-1939), Conservateur du Musée Miln, cède par donation à la Ville de Carnac l’ensemble de ses collections.
Nommé correspondant de la Commission des Monuments Historiques pour le Morbihan, il procède au classement de 123 monuments. Il entreprend la fouille et/ou la restauration de 129 sites sur un territoire allant de la presqu’île de Rhuys à la presqu’île de Quiberon. À Carnac même, il mène des fouilles d’envergure au Tumulus Saint-Michel, sur les Alignements de Kermario (Tertre du Manio 2), sur le grand tumulus allongé qui barre l’enceinte mégalithique de Kerlescan ou encore à l’habitat du Lizo.
1928
Sur demande de Zacharie Le Rouzic, l’ensemble des collections du Musée est classé au titre des Monuments Historiques.
1942
Durant la Seconde Guerre mondiale, Carnac est située en zone interdite. Une centaine d’objets sont mis à l’abri des bombardements et transférés dans le département du Maine-et-Loire.
1946 - 1958
Dans le cadre d’un projet d’Institut de Préhistoire Bretonne à Carnac, le Musée est cédé à l’Université de Rennes (Institut de Géologie). En vain, le Musée est finalement rétrocédé à la Ville de Carnac.
1984
Ouverture du nouveau Musée de Préhistoire James Miln-Zacharie Le Rouzic. Inauguré en 1985 par le Ministre de la Culture Jack Lang, il est dorénavant installé dans l’ancien presbytère, construit à la fin du XIXe siècle.